根據(jù)《南水北調工程供用水管理條例》，南水北調工程水量調度遵循節(jié)水為先、適度從緊的原則，統(tǒng)籌協(xié)調水源地、受水區(qū)和調水下游區(qū)域用水，加強生態(tài)環(huán)境保護。南水北調工程水量調度以國務院批準的多年平均調水量和受水區(qū)省、直轄市水量分配指標為基本依據(jù)。

每年，由長江水利委員會提出南水北調中線工程年度可調水量。南水北調工程受水區(qū)省、直轄市人民政府水行政主管部門根據(jù)年度可調水量提出年度用水計劃建議。

國務院水行政主管部門綜合平衡年度可調水量和南水北調工程受水區(qū)省、直轄市年度用水計劃建議，按照國務院批準的受水區(qū)省、直轄市水量分配指標的比例，制訂南水北調工程年度水量調度計劃，征求國務院有關部門意見后，在水量調度年度開始前下達有關省、直轄市人民政府和南水北調工程管理單位。如受水區(qū)省、直轄市用水需求出現(xiàn)重大變化時，由有關省、直轄市人民政府授權的部門或者單位協(xié)商簽訂轉讓協(xié)議，實現(xiàn)分配水量的轉讓。

南水北調工程管理單位根據(jù)年度水量調度計劃制訂月水量調度方案，并按照調度方案實施水量調配。