1997年，根據(jù)市委、市政府提出的“舟山發(fā)展水為先，大陸引水是根本”的戰(zhàn)略決策，組建舟山市大陸引水工程辦公室，負責(zé)實施大陸引水工程。2001年9月，舟山市水務(wù)局成立（同時保留舟山市大陸引水工程辦公室牌子），為市政府負責(zé)水務(wù)工作的直屬縣處級事業(yè)單位。同時，成立舟山市水務(wù)集團有限公司，注冊資本一億元，屬國有獨資企業(yè)，與市水務(wù)局兩塊牌子一套班子，主要負責(zé)統(tǒng)一管理原水、城市制水、城市供水、城市給水、城市污水處理，以及城市供水的水源工程、供水設(shè)施和城市污水處理的規(guī)劃、建設(shè)和管理；承擔(dān)授權(quán)范圍內(nèi)國有資產(chǎn)的經(jīng)營管理，確保國有資產(chǎn)的安全運行和保值增值。另單獨設(shè)立舟山市節(jié)約用水辦公室，負責(zé)城市節(jié)約用水工作。

2010年，根據(jù)《舟山市人民政府機構(gòu)改革方案》（舟委辦〔2010〕97號）和《舟山市水務(wù)體制調(diào)整總體方案》（舟政辦函〔2012〕83號）精神，撤銷市水務(wù)局，保留市水務(wù)集團有限公司，將水務(wù)行政管理職責(zé)劃交市水利水務(wù)圍墾局承擔(dān)。市水務(wù)集團為市政府直屬國有獨資企業(yè)，按現(xiàn)代企業(yè)制度進行運作，行業(yè)管理歸口市水利水務(wù)圍墾局，國有資產(chǎn)由市國資委管理。同時保留市大陸引水工程辦公室，大陸引水工程工作由市水務(wù)集團承擔(dān)。另將市節(jié)約用水辦公室調(diào)整到市水利水務(wù)圍墾局，設(shè)立舟山市節(jié)約用水管理中心，在市節(jié)約用水辦公室指導(dǎo)下，受委托承擔(dān)節(jié)水具體工作。市水務(wù)集團內(nèi)設(shè)“六部二室”，分別為辦公室、黨群工作部、工程技術(shù)部、投資發(fā)展部、運營管理部、計劃財務(wù)部、安全生產(chǎn)部和紀檢監(jiān)察內(nèi)審室（籌）。

市水務(wù)集團下轄舟山開源供水有限責(zé)任公司和市污水處理有限公司兩家國有控股公司，注冊資本分別為6000萬元和500萬元，市原水管理中心為科級自收自支全民事業(yè)單位，與舟山開源供水有限責(zé)任公司兩塊牌子一套班子，參股舟山市自來水有限公司。